Pemerintah Desa Krembangan dipimpin oleh seorang Kepala Desa yang dibantu oleh Sekretaris Desa, Kepala Urusan (Kaur) Umum dan Aparatur Desa dan Aset, Kaur Perencanaan dan Keuangan, Kasi Pemerintahan, Kasi Kemasyarakatan, dan Kasi Pembangunan. Kepala Desa dipilih langsung oleh masyarakat dan menduduki jabatan selama 6 tahun.

Desa Krembangan terbagi dalam 12 wilayah pedukuhan, yang dipimpin oleh Dukuh sebagai petugas pelaksana kewilayahan.

Setiap pedukuhan dibagi menjadi 2 wilayah Rukun Warga (RW). Setiap RW dibagi menjadi 2 Rukun Tetangga (RT), sehingga di Krembangan terdapat 24 RW dan 48 RT.